Le Syndicat Mixte est administré par un Comité Syndical de 65 membres assurant la représentation des établissements de coopération intercommunale et des communes membres du Syndicat, selon les modalités suivantes :
a) Le EPCI détenant la compétence SCOT se voient attribuer trois voix et une voix par tranche complète de 4 500 habitants*;
b) Les communes de plus de 5 000 habitants* n'appartenant pas à un EPCI ayant compétence SCOT se voient attribuer trois voix;
c) les communes de moins de 5 000 habitants* n'appartenant pas à un EPCI ayant compétence SCOT se voient attribuer une voix.
*Populations totales
Lorsque la répartition des sièges entre les communes et groupements de communes membres, effectuée selon les règles définies ci-dessus, donne à l'un d'entre eux la majorité absolue des sièges, le nombre de ses délégués est réduit pour être inférieur à la moitié du nombre total des membres du Comité Syndical. Le nombre de sièges se répartit de la façon suivante:
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Communauté d’agglomération Perpignan Méditerranée: 32
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Communauté de communes des Aspres : 7
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Communauté de communes Illibéris : 5
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Communauté de communes Salanque Méditerranée : 6
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Communauté de communes Sud Roussillon : 6
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Communauté de communes Roussillon Conflent : 6
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Commune d'Elne : 3
(Voir calendrier prévisionnel des réunions du Comité syndical dans la rubrique "Actualités")